O Ecomuseu Ilha Grande, uma unidade da Pró-Reitoria de Extensão e Cultura (PR3), inaugurado em 2007, é um espaço dedicado à preservação, pesquisa e divulgação do meio ambiente, história e vida sociocultural da Ilha. Composto por quatro núcleos – Museu do Cárcere, Museu do Meio Ambiente, Centro Multimídia e Parque Botânico – o Ecomuseu promove ações socioculturais em parceria com os moradores da Vila Dois Rios, visando à valorização e difusão do patrimônio natural, histórico e cultural. Seu objetivo principal é envolver a comunidade como agente do processo de conservação e desenvolvimento sustentável do território da Ilha Grande. Para alcançar essa meta, o Ecomuseu se dedica à preservação, pesquisa, valorização e difusão da história, memória, cultura, identidade local e patrimônio natural, material e imaterial da região. Por meio dessas ações, busca estimular a reflexão e a prática ética em relação ao meio ambiente e à comunidade.

No Museu do Cárcere, os visitantes podem explorar a história do antigo Instituto Penal Cândido Mendes, compreendendo seu impacto na região e sua transformação em um espaço de pesquisa e conservação. O Museu do Meio Ambiente disponibiliza uma oportunidade de conhecer a rica biodiversidade e os ecossistemas terrestres e aquáticos da Ilha Grande. O Centro Multimídia proporciona uma experiência interativa, por meio de recursos audiovisuais, para aprender sobre as questões ambientais e sociais relacionadas à Ilha. Já o Parque Botânico convida os visitantes a explorarem trilhas e apreciarem a flora exuberante presente na região.

O Ecomuseu Ilha Grande valoriza a participação da comunidade local e incentiva ações conjuntas para a preservação e sustentabilidade da Ilha Grande, pois acredita que por meio da educação ambiental, aliada à valorização do patrimônio histórico e cultural, é fundamental para a construção de um futuro mais consciente e responsável.